Ngorongoron kraatterissa elää noin 25 000 suurta eläintä. Vierailijat näkevät usein leijonia, norsuja, puhveleita, seeproja, gnuita ja hyeenoja. Kraatteri on myös yksi Tansanian parhaista paikoista nähdä uhanalainen mustasarvikuono. Virtahepot kokoontuvat pysyviin altaisiin, ja flamingoja esiintyy usein soodajärven rannalla.